Автоматизированные вакцины

Создание безопасной и эффективной вакцины не легко. Обычно только ряд отрывков протеина или пептиды, от патогена в состоянии зажечь защитную иммунную реакцию. Теперь исследователи развили компьютерную программу что дома в быстрее на той игле пептида в стоге сена протеина. Эксперты говорят, что инструмент, описанный в июньской Биотехнологии Природы, мог помочь обуздать взлетающие затраты на развитие вакцины.

Вызывать энергичную иммунную реакцию, представляющие антиген клетки (APCs), помещенный демонстрирующийся расколотые пептиды от патогенов или опухолевых клеток. Фрагменты протеина привлекают внимание клеток T, одну касту воинов иммунной системы, прячущих множество свободных гормонов и организующих различных игроков свободной реакции. APCs сохраняют трудную власть на иностранных пептидах путем прикрепления их в расселине того, что назвало их главный комплекс тканевой совместимости (MHC), разнообразный набор поверхностных протеинов. Более того для проектировщиков вакцины, у людей есть один из шести различных генов MHC, каждый приезжающий в сотни немного отличающихся форм или аллели. Поскольку аллели MHC отличаются по своему аггрегирующему влечению к различным пептидам, вакцина на основе всего одного пептида может не работать на всех.

Приблизительно 8 лет назад Юрген Хаммер, иммунолог в Hoffman-La Roche Inc. в Nutley, Нью-Джерси, намеревался расшифровывать правила, управляющие закреплением пептида с молекулами MHC. В кропотливом ряде приблизительно из 10 000 экспериментов он определил близость 35 различных связывающих участков в расселинах MHC для 20 естественных аминокислот, составляющих пептиды. Это позволило ему оценивать пептид аггрегирующая сила 51 наиболее распространенной аллели MHC, содержащих эти связывающие участки. От этой информации Хаммер разработал компьютерную программу, которая могла вычислить аггрегирующую близость 51 аллели MHC для различных патогенных пептидов. Чем больше аллелей MHC, связывающих с определенным пептидом, тем более вероятно этот пептид должен вызвать иммунную реакцию у многих людей.

Проверяя программное обеспечение, бригада Молотка проанализировала приблизительно 200 пептидов с известными MHC-аггрегирующими свойствами. Компьютер предсказал правильно до 80% пептидов, связывающих с данным MHC, и это ложно выбрало меньше чем 5% не связывавших пептидов.

Подход мог «значительно ускорить развитие вакцины» путем сокращения числа пептидов, которые должны быть показаны в пробирке, говорит исследователь вакцины Энн Дегрут из Университета Брауна в провидении, Род-Айленд. Но она предостерегает, что понятие должно быть утверждено путем указывания пути к новой вакцине. «Вы можете сделать много опрятных вещей на Вашем компьютере», говорит она, «но в конечном счете Вы должны поместить [предсказанные пептиды] в вакцинах и проверить, защищают ли они [от инфекции]».

Добавить комментарий