Малярийный геном входит в представление

Впервые, молекулярные биологи установили ориентиры всюду по геному одного из самых смертельных паразитов в мире, плазмодий falciparum, который вызывает малярию и убивает приблизительно 2 миллиона человек во всем мире каждый год. В сегодняшней Генетике Природы исследователи сообщают, что они создали так называемую оптическую карту 14 хромосом паразита, достижение, которое должно помочь продолжающемуся усилию упорядочить геном плазмодия.

P. falciparum является главной целью генных программ упорядочения, потому что он мешал всем попыткам контроля. Нет никакой профилактической вакцины, и за прошлые 2 десятилетия организм стал стойким к ключевым лекарствам от малярии. Путем упорядочивания его генома исследователи надеются, что обнаружат новые способы бороться с малярией. Это усилие включает сначала генерацию большого количества крошечных, накладывающихся частей ДНК, которая должна быть собрана в правильном порядке после того, как их последовательности нуклеотида определяются. Оптическая карта, сгенерированная Дэвидом Шварцем из университета Висконсина, Мадисона, и его коллег, должна помочь в том собрании.

Шварц развил оптическое картографирование, в то время как он был в Нью-Йоркском университете. Метод обманывает электростатические силы для протяжения тугой части ДНК на стеклянное понижение микроскопа. Тогда Шварц и его коллеги рассматривают ДНК с ферментами, каждый из которых нарезает ее только в определенных канатно-веревочных отходах основ. Когда каждый фермент сокращается, размеры получающихся фрагментов, все выстроенных в линию в правильном порядке, измеряются с цифровым отображением. Сложная компьютерная программа тогда ткет вместе картину ДНК, показывая места, отмеченные каждым ферментом, которые являются ориентирами на оптической карте.

Бригада Шварца первоначально использовала метод для картографирования единственных хромосом, включая хромосому 2 из P. falciparum, но теперь развила программное обеспечение, достаточно сильное для расшифровки фрагментов от хромосом всего паразита сразу, таким образом обойдя потребность к первому виду что ДНК в отдельные хромосомы. «Все, в чем мы нуждаемся, является трубой ДНК, и мы выключены», добавляет он.

В конечном счете программы упорядочения могут использовать места сокращений для выяснения, где вдоль генома паразита недавно упорядоченная ДНК принадлежит. Оптическое картографирование является «невероятно быстрым и точным способом подтвердить подлинность собрания» частей последовательности в полную хромосому, говорит Леда Камминс, молекулярный биолог, упорядочивающий часть малярийного генома в Институте Геномного Исследования в Роквилле, Мэриленд. Действительно, с этим и другими картами, международная бригада программ упорядочения ожидает заканчивать малярийный геном к концу 2001.

Добавить комментарий