Исследователи обнаружили, что целое упорядочивание генома может повлиять на инфекционный контроль и лечение пациентов из-за клинических соответствующих данных, которые это обеспечивает на бактериальной передаче. В сотрудничестве с исследователями Illumina учеными из Кембриджского университета Институт Wellcome Trust Sanger использовал целое упорядочивание генома, чтобы установить, который выделяет устойчивого к метицилину золотистого стафилококка (MRSA), была часть стационарной вспышки, так как текущие методы лаборатории часто неспособны различать MRSA, выделяет.Новое исследование, изданное в The New England Journal of Medicine, продемонстрировало, что целое упорядочивание генома может не только быстро снабдить точными данными, это также ясно различает MRSA, выделяет.
Инфекция MRSA является ведущей проблемой здравоохранения. 2 008 американских оценок показывают, что 15 249 смертельных случаев были приписаны 89,785 инвазивным инфекциям MRSA. В среднем пациенты с инфекциями MRSA тратят вдвое более долго в больнице по сравнению с другими пациентами, вошедшими по тем же причинам. Более длительные пребывания в больнице, плюс лечение, чтобы иметь дело с подобными инфекциями поднимают стоимость здравоохранения.
Чтобы лучше управлять связанной со здравоохранением инфекцией, это критически к быстро, и точно идентифицируйте бактериальную передачу.Ведущий исследователь, профессор Шарон Пикок, из Кембриджского университета объясняет:«Важное ограничение текущей методологии инфекционного контроля – то, что доступные бактериальные методы типирования не могут различать различные штаммы MRSA. Цель нашего исследования состояла в том, чтобы видеть, могло ли бы целое упорядочивание генома MRSA использоваться, чтобы различать связанные штаммы на уровне генома, и если это будет сообщать и вести расследования вспышки».
Исследователи основались свое исследование вспышки MRSA в новорожденной палате интенсивной терапии, уже закончившейся, получив образцы и упорядочив их в режиме реального времени. Они обнаружили, что целое упорядочивание генома позволило им различать штаммы, которые были частью вспышки и тех, которые не были. Это продемонстрировало, что вспышка, возможно, была идентифицирована более быстро по сравнению с текущим клиническим тестированием, и поэтому потенциально сокращением размера вспышки.Исследователь Co-продвижения, доктор Джеффри Смит, Старший управляющий Исследования в Иллуминой объявил:«Это исследование демонстрирует, как успехи в целом упорядочивании генома могут предоставить существенную информацию, чтобы помочь бороться со стационарными вспышками в клинически соответствующие оборотные времена.
Поскольку упорядочивание стало все более и более точным и всесторонним, оно может использоваться, чтобы ответить на широкий спектр вопросов. Мало того, что мы могли отличить различные штаммы MRSA в больнице, мы также смогли быстро характеризовать устойчивость к антибиотикам, и гены токсина, существующие в клиническом, выделяет».Команда впоследствии развила список всех генов MRSA, заставляющих устойчивость к антибиотикам позволять быструю идентификацию устойчивости к лекарству в штаммах MRSA, которые помогут работникам здравоохранения в лечении каждого зараженного пациента с самой адекватной возможной терапией. Кроме того, это обеспечивает мощный инструмент, чтобы обнаружить новые механизмы устойчивости к лекарству.
MRSA генерирует различные уникальные токсины, которые могут привести к тяжелым клиническим синдромам, таким как септический шок, пневмония, и осложненная кожа и инфекции мягкой ткани. Исследователи развили список генов токсина, чтобы быстро идентифицировать эти гены, происходящие в штаммах MRSA. В настоящее время эти токсины могут только быть идентифицированы с многократными пробами в справочных лабораториях.
Ведущий автор, доктор Джулиан Пархилл от Института Wellcome Trust Sanger заметил:«Различение штаммов важно для управления инфекционным контролем. Быстрое действие важно, чтобы управлять подозреваемой вспышкой, но оно имеет равное значение, чтобы идентифицировать несвязанные штаммы, чтобы предотвратить ненужные закрытия палаты и другие подрывные меры контроля. Потребность здравоохранения лучше, более эффективные способы идентифицировать вспышку и затем обрабатывает данные. Текущие клинические методы, чтобы заставить связи между связанными штаммами сравнить структуру бактериальной восприимчивости к профилю антибиотиков.
Мы нашли, что этот метод был неточен. Мы идентифицировали два штамма MRSA, которые, казалось, были идентичными использующими текущими методами, генетически очень отличались».
В конечном счете использование целого упорядочивания генома станет частью обычного здравоохранения, и эти результаты исследования сделали вклад, чтобы поддержать целое упорядочивание генома в контролировании MRSA и другими вспышками в стационарных параметрах настройки.Профессор Пикок завершил: «Следующая стадия должна разработать интерактивные инструменты, обеспечивающие автоматизированную интерпретацию последовательности генома и предоставляющие клинически значащую информацию работникам системы здравоохранения, необходимый успех, прежде чем это сможет быть реализовано в клиническую практику».